目前设有山东省汽车电子技术重点实验室、山东省汽车电子工程技术研究中心、山东省汽车电子技术工程实验室、机器人国家工程研究中心山东分中心、山东省机器人与制造自动化技术重点实验室、山东省机器人与制造自动化工程技术研究中心、山东省科学院索道控制技术中心等，是山东省自动化学会挂靠单位、山东省机器人产业技术创新战略联盟理事长单位。

多年来，研究所紧紧围绕国家和山东省经济社会发展需求，积极开展应用基础研究、大力开展关键共性技术重大攻关、集成创新和工程化研究，主持和承担了国家“863”计划项目、国家科技重大专项暨02专项课题、“十一五”国家科技支撑计划项目、国家自然科学基金项目、山东省科技重大专项等国家、省级科研项目200余项，形成了一批具有自主知识产权的技术成果，且众多成果已在汽车、装备制造诸多行业、企业得到广泛应用，为山东省科技发展、经济建设以及企业技术进步做出应有的创新型贡献。

研究所坚持开放式办所，积极开展对外交流合作，与国内外多所大学、科研机构、政府部门以及企业等建立了长期的紧密合作关系，联合开展科学研究、共建高技术研究与开发实体等。

山东省科学院自动化研究所将大力实施人才强所战略，坚持以科研为中心，不断深化开展应用基础研究，突出战略性、前瞻性、共性重大技术研究，不断加强科技成果转化和示范推广应用，努力把自动化研究所建设成为规范高效、和谐奋进、环境优美、具有强大科技创新能力和可持续发展能力的特色鲜明的现代科研机构。